郭齐勇教授近年来主持和承担国家社科基金项目“近50年来出土简帛与中国哲学史研究”、教育部人文社科重点研究基地重大项目“宋元明时期长江中游的儒学研究”以及“十五”期间国家级重点教材《中国哲学史》的编写。其中，《中国哲学史》已由高等教育出版社于2006年出版，《哲学研究》、《孔子研究》等学术刊物发表书评论文，对该著高度评价，肯定了该著在内容和体例方面的创新；基地重大项目“宋元明时期长江中游的儒学研究”，主要对宋元明时期湖北、湖南、江西的儒学予以全面而细致的讨论，深入揭示了该地域儒学的内涵、承传、流变、成就诸方面内容，是一部具有新创性的断代地域儒学史。该项目结题成果即将由北京三联书店出版。