阳明学是宋明理学的显学，对于明代思想界产生了巨大冲击。盛极一时后，阳明学却逐渐衰落，至清初迅速归于沉寂。阳明学遭遇发展困境时，阳明后学内部开始“自愈”，阳明学的学术领袖秉承阳明学的核心精神，力挽狂澜，在困境中探寻阳明学发展的出路。在王阳明及第一代弟子时，阳明学发展的主旋律是形成及展开，至再传弟子后，发展的困境逐渐加剧：从外部环境来看，首辅张居正禁讲学、毁书院。王阳明的第三代弟子邹元标因疏抗张居正夺情遭廷杖酷刑，谪戍贵州，收王阳明龙场之益，在贵州悟道，起复后，逐渐成为阳明后学的学术领袖。熹宗初年，众正盈朝，邹元标与冯从吾在北京建首善书院，阳明学复兴昙花一现，随之而来的是毁书院，魏忠贤血腥清洗东林党。方以智的祖父方大镇是首善书院的积极参与者，为邹元标、冯从吾所称许，时艰后“同人于野”，退居乡里讲学。明代亡国后，在江右王门讲会的中心青原山，方以智隔代传心，与施闰章致力于复兴讲会，重振传心堂，直至全节而终。

与孔子后“儒分为八”类似，据《明儒学案》，阳明后学主要分为浙中王门、江右王门、南中王门、楚中王门、北方王门、粤闽王门、止修学派、泰州学派八个门派，而其中以江右王门、浙中王门、泰州学派、止修学派这四大门派最具活力，发展最盛。至阳明再传弟子后，各学派相互交织，联系更加紧密。与此同时，阳明后学流弊四起，急需正本清源。阳明后学的分化导源于阳明的良知学教三变，教三变直接影响了江右王门、泰州学派、浙中王门的良知学宗旨的形成及差异，面临良知异见纷呈的理论困境。弟子邹元标汇聚姚江诸流于一身，作为阳明学的继承者、澄汰者和汇聚总结者，他积极寻求阳明学主要门派发展的出路。邹元标对于江右王门的吸收以胡直、王时槐为主，以江右王门收摄保聚的学风为基调，践行记过、无欲、研几、主静等功夫。邹元标对于泰州学派的吸收以罗汝芳为主，他继承了泰州学派自然顺适的宗旨，利用赤子真心的冲力，推致良知流行，盎然天机，践行心要放、复太和、任真情、顺自然等功夫。以王畿后学邓以讃、张元忭以及周汝登为主，邹元标契人浙中王门：在道体论上，强调无之空空、无之虚、无之密、无意之圆；在功夫论上，强调省悟、奋悟、透悟。江右王门的万廷言摄知归止，李材独拈止修，邹元标亦将二者的止修学派思想融摄，以至善贞定良知道体，以艮背贞定功夫。在继承吸收各派核心思想时，邹元标予以评判：对于江右王门的收敛静定，他主张放开，认为记过等功夫过于支离，主张壮大良知主宰的力量，众妄俱消；对于泰州学派的流行，他主张收放心的锤炼功夫，保证赤子真心流行中不含情识；对于浙中王门门，他主张悟修兼至，以防止荡于玄妙；对于止修学及其关联学派之止修，他强调止无所止、修无所修。由道统而人者，寻源问津，如人百花之谷；由宗统而人者，不涉程途，提刀直人，如人无人之境。宗统道统合一，汇聚一点，邹元标学旨可归结为“学”。觉为道体，学为功夫；觉即学，即一体，觉一体为境界。方以智以“觉”“学”“孝”展开主体，以三冒思相统摄阳明后学诸派的道体论，乃至整个儒学。三冒即显冒、密冒、统冒，分别对应阳明学的有、无、有无相。合，三冒既能统合为一，又能举一而明三。由此三冒，可以融通阳明后学有无之辩中的道体、功夫论，贯通宋明理学中的寂感、先天后天，并进而贯通三教百家。三冒层楼递进，既能由显冒上升到密冒，又能由密冒下贯至统冒，进而完成义理的融通。方以智以儒家真孤资任，在明亡后依然坚守疗教平人心，在寒冬中保存真种子，寓解于行，以行摄解，寄希望于儒学的再次复兴。

以王阳明教三变为基础，阳明学发展总体可分为五个阶段：第一阶段：默坐澄心、静坐。江右王门主旨；第二阶段：致良知。泰州学派主旨；第三阶段：无善无恶、无是无非。浙中王门主旨；在纠正泰州学派、浙中王门末流的流整过程中，产生出了止修学及关联学派，这一学派的代表是万廷言、李材、许孚远三位同心友。李材的止修学内生于江右王门，在纠正王门“二溪”学说所导致的流弊中应运而生，借助弟子李复阳知县无锡，并由此开启以顾宪成、高攀龙相继主明的东林学派。薛应旂置王畿于察典，敢于指正王畿在“修”上的缺失，亦导源顾宪成之学。许孚远后学冯从吾与东林学派的顾宪成、高攀龙相和，以至善为宗旨。由此来看，止修学及其关联学派可作为阳明学理论发展的第四个阶段：至善无恶、艮背止修。王畿为阳明学之利根，畸颖超群，“四无”说如太阿之剑，但同时亦极易出现流弊，对于阳明学发展的破坏性也最大，由此导致“倒持太阿”，反伤已身，成为阳明学发展的“酖毒”。由此，方以智针对阳明学末流的私心横行之弊，以时学铎人,“藏悟于学”。从道体论上，方以智指出王畿之学的道体是独心独性，而非公心公性。由此，王畿之学的流弊为荡漾在一己之神秘体验，而缺乏普适性，方以智以“全仁全树”化之，以“下学”平衡之，以“学”“修”实之。这融合了浙中王门与止修学及其关联学派的思想，学即是悟，是上达，是超越；学又是孝，是修，是下学，是着实。由此，悟修合一，下学上达合一，学、悟、觉、孝、效合一，这可作为阳明学理论发展的第五个阶段：愿学(下学上达 )、藏悟于学。总结阳明学五个阶段的教法，出路指引如下：第一阶段：默坐澄心、静坐，流弊在于沉顽空、守死寂。出路在于以泰州学派拆穿光景，即有而无，放开，流行，乃至超越至无。第二阶段：致良知，流弊在于杂于情识、任情。初学者之出路在于补充第一阶段教法，锤炼赤子人心为真心，不杂情识。中学者之出路在于超越至无，时时缉熙。老学者应即悟即修，悟修合一。第三阶段：无善无恶、无是无非，流弊在于玄虚，高妙。出路在于补充第一阶段教法，如王阳明为王畿之治静室。以止修学派平衡，悟修合一，即悟即修，即修即悟。第四阶段：至善无恶、艮背止修。流弊在于泥迹，应以第二段教法流行之，推致良知。以第三阶段超越之，下学而上达。第五阶段：愿学(下学上达 )、藏悟于学。这是圆教，总体出路指引，亦是重回王阳明的天泉证道：“相取为用，则中人上下皆可引人于道。”

在困境及出路研究中，“知落后于意”、阳明学的转折、阳明学的实学特质亦值得关注。心、意、知是阳明学道体论的核心概念，但面临“知落后于意”的难题。刘宗周以诚意、慎独为功夫特色，让知藏于意，未发之中密体确保已发之和。以未发之中为主，未发之中为性体，慎独求未发之中，深隐的未发之中能保证已发之和。邹元标提出了与刘宗周之学相对的另一种模式：让意超于善恶之上，从沉潜密体中来，心体的纯粹超洁保证了心所发之意的灵动，处处圆处处应。以已发之和为主，觉是性体，太和元气是心觉之流行，和乐一体即是已发之和，能充达处即是心性，不必深隐，已发之和保证了深渊处未发之中。刘宗周重视的未发之中可与邹元标的已发之和互补。从“有”的角度，邹元标以已发之和溯源未发之中，已发之和即未发之中，离和无中，离达道无大本。对比刘宗周以未发之中保证已发之和的思想进路可知，刘宗周的思想倾向于原因论、动机论，而邹元标的思想进路则倾向于结果论、行为论。二者持论不同，但目的一致。

在阳明学发展的第三阶段形成了阳明学的转折，这是指从心体滑转为性体，从江右王门的收摄保聚到止修学的止至善与修身，由止修学到朱子学的发展，其中以万廷言、李材、许孚远三位同心友为代表，包括这三位同心友的后学邹元标、顾宪成、高攀龙，乃至冯从吾、刘宗周。万廷言的《大学》新诠释顺着王阳明的《大学古本》而来，诠释的根基在于阳明学，以江右王门的学旨为特色，摄知归止，将道体论重心由良知转至止至善。在万廷言的诠释中,《大学》三纲领归于止至善，止至善为《大学》总纲；《大学》八条目各有分工，落脚点在诚意、致知，八条目以“止至善”为归宿。那由此来看，“止至善”既是总纲领，也是总条目，这与王阳明以良知灌注到《大学》的诠释呈现出明显差异。李材的止修学将这种差异放大，完全倒向了止，这已经严重偏离了阳明学，反面为以东林学派为代表的朱子后劲提供了丰富的思想资源。总体而言，万廷言将致良知与止至善融通，李材独拈止修，止至善与修身并举，至东林学派的顾宪成、高攀龙，则逐渐转为朱子学。

在明清实学思潮中，阳明学传心法脉与顾炎武所主张的实学既有内在一致性，亦有显著区别，不能将二者混同。卷裹了“上达”“悟”“虚”的实学体现出阳明学的特质，注重内在心体的涵养及道德修养境界的提升。从阳明学发展的困境而言，江右王门沉空、泰州学派放荡、浙中王门空亡，均表现为没有实事，良知着空，这是阳明学因末流牵连而饱受诟病的重要原因。因此，要突破困境，阳明学必须重新回到王阳明的实学精神，时时事事如一棒一掴之着实，棒必见痕迹，掴必见血印，如此方有实效，方能得力，这是阳明学的实学维度所体现的特质。阳明学重在“传习”，邹元标的“上达而下学”可表述为方以智的“藏悟于学”，由此彰显出鲜明的实学特质。